XCIX LO powstało w 1997 roku. Jest szkołą zarządzaną w nowoczesny sposób, a jednocześnie odwołującą się do najlepszych tradycji i wartości humanistycznych. Stawiamy na jakość nauczania i wychowania, a efektem naszych działań jest Certyfikat "Szkoła z klasą". Prowadzimy klasy humanistyczne z programem wiedzy o sztuce lub teatrze, informatyczną z autorskim programem matematyki, menedżerską z podstawami ekonomii oraz ekologiczną z programem promocji zdrowia. Przyjazny klimat, poszanowanie praw ucznia, ale także konsekwencja w działaniu to atuty naszej Szkoły. Staramy się stworzyć uczniom warunki do wszechstronnego rozwoju intelektualnego, emocjonalnego i fizycznego. Zwracamy uwagę na rozwój osobowości, wytworzenie poczucia przynależności i identyfikacji ze Szkołą. Kładziemy duży nacisk na idee i wartości obecne w twórczości patrona liceum- Zbigniewa Herberta. Zasady: "iść przez życie z godnością", "być odważnym", "nie tolerować zła", "szanować tradycję", "dawać świadectwo prawdzie", staramy się zaszczepić młodym ludziom. Szczególnymi wzorami postaw dla naszych uczniów są: patron szkoły – Zbigniew Herbert oraz generał Władysław Anders. Od 2007 roku przechowujemy pamiątki po Władysławie Andersie w utworzonej wówczas w jednej z sal lekcyjnych Izbie Pamięci Generała. W 2009 roku otwarta została Izba Pamięci Zbigniewa Herberta. Stawiamy na humanistyczne rozbudzenie młodzieży, rozwijanie talentów i zainteresowań. Dużą wagę przywiązujemy do wychowania i kultury osobistej. Nasi uczniowie mają poczucie, że należą do młodzieżowej elity. W roku szkolnym 2005/2006 XCIX LO zostało przekształcone w Liceum Ogólnokształcące z Oddziałami Dwujęzycznymi. Drugim językiem nauczania jest język angielski.
Nasze atuty:
Na początku był chaos, który opanowała pani dyrektor Beata Murawska. Nową szkołą na Gocławiu zainteresowane były: radio, telewizja, prasa, ale przede wszystkim uczniowie, którzy mieli tu rozpocząć naukę 1 września 1997 roku. Wraz z pierwszym dzwonkiem 160 uczniów wkroczyło w nowy rok szkolny 1997/1998, rozpoczynając tym samym tworzenie historii i tradycji XCIX Liceum Ogólnokształcącego. Od samego początku istnienia, celem szkoły stało się stworzenie uczniom warunków do wszechstronnego rozwoju: intelektualnego, emocjonalnego i fizycznego. Nowopowstałe liceum szybko zyskało popularność. Do rozsławienia dobrego imienia szkoły przyczyniło się Koło Żywego Słowa pod kierownictwem pani wicedyrektor Lidii Mędykowskiej. Pierwsza sztuka naszej grupy teatralnej: "Antygona" według Sofoklesa okazała się dużym sukcesem, a w następnym roku wystawione przez tę trupę teatralną "Dziady" cz. II Adama Mickiewicza zdobyły wiele nagród i wyróżnień, m.in. II miejsce w Dzielnicowym Przeglądzie Zespołów Teatralnych Dzielnicy Praga Południe, czy III nagrodę na VI Przeglądzie Małych Form Teatralnych Maska`99.
Gazety pisały: W marcu 1999 roku zaczęła ukazywać się, współtworzona przez uczniów należących do koła dziennikarskiego, gazetka szkolna "Tabula Rasa", wyróżniona II nagrodą w Konkursie Gazet Uczniowskich. W 2004 roku dotychczasowa nazwa gazety została przekształcona na "Herbertpress".
Najważniejszym wydarzeniem w historii Szkoły było przyjęcie 29 października 1999 roku imienia wybitnego polskiego poety - Zbigniewa Herberta. Od tego roku ważną uroczystością w naszej szkole są obchody Dnia Patrona. W 2001 roku szkoła została członkiem - założycielem ogólnopolskiego stowarzyszenia Klub Herbertowskich Szkół. W 2002 roku z okazji skromnego jubileuszu 5-lecia istnienia Szkoły zorganizowaliśmy, pod honorowym patronatem ministra kultury, zjazd Szkół Herbertowskich w Warszawie. W 2004 roku z naszej inicjatywy władze miasta ufundowały tablicę upamiętniającą Zbigniewa Herberta. Tablicę umieszczono na fasadzie budynku przy ul. Promenada 21, w którym Poeta mieszkał i tworzył przez ostatnie lata życia. Z okazji 80. rocznicy Jego urodzin zorganizowaliśmy I Warszawski Konkurs Recytatorski Poezji Zbigniewa Herberta, nad którym honorowy patronat objął Prezydent Warszawy. W 2004 powstała w Szkole Sala Herbertowska - poświęcona pamięci Poety.
Nasza Szkoła, mimo że istnieje dopiero od 1997, może poszczycić się już znaczącym dorobkiem i dobrą opinią w środowisku. Dowodem jej popularności jest duża liczba kandydatów ubiegających się o przyjęcie do XCIX LO.